HCV-RNA: Kỹ thuật mới trên hệ thống QIA-GEN

Virus viêm gan C (HCV) thuộc họ Flaviviridae, giống Hepacivirus. Cấu trúc phân tử HCV RNA virus bao gồm một khung đọc mở duy nhất (ORF - open reading frame) bao trùm cấu trúc gen của HCV mã hoá một chuỗi polypeptide khoảng 3010 - 3033 aminoacid (aa) gắn kết vào đầu 5’ và 3’ của các vùng không dịch mã (UTR - Untranslated region).

Gen của virus chia làm 3 vùng chính có hai đầu 5’ và 3’.

Khởi đầu, khung đọc mở ở vùng 5’ không phiên mã (HCV5 - UTR) gồm 341 nucleotide là vùng bảo tồn nhất trong cấu trúc gen của HCV, 90% cấu trúc hoàn toàn tương tự nhau ở các kiểu gen HCV khác nhau và thường được sử dụng trong chẩn đoán sinh học phân tử.

Tiếp theo, là những vùng mã hoá cho các protein cấu trúc và protein không cấu trúc, vùng cấu trúc (structural region) gồm các gen mã hoá cho các protein capside (C - core) và lớp bao ngoài (E1 và E2 - envelope). Vùng không cấu trúc (none structural region) nằm ở phía 3 của vùng cấu trúc.

Cuối cùng, vùng 3 không phiên mã (HCV 3 - UTR) có khoảng 27 - 66 nucleotid, có chức năng báo hiệu dừng quá trình phiên mã [1].

Quy trình định lượng HCV gồm 3 bước chính: (1) Tách chiết RNA virus từ mẫu bệnh phẩm; (2) Chuyển RNA thành cDNA; (3) Định lượng bằng kỹ thuật real-time PCR [2].

HCV có vật liệu di truyền là sợi đơn RNA không bền, dễ bị phân huỷ bởi enzyme RNase hiện diện rất nhiều trong mẫu cũng như trong môi trường. Việc định lượng HCV cho kết quả chính xác khó khăn hơn các virus có vật liệu di truyền là DNA, ví dụ HBV. Vấn đề kỹ thuật lớn nhất cần giải quyết đó là việc thao tác với vật liệu di truyền RNA bị ảnh hưởng bởi rất nhiều yếu tố khách quan cũng như chủ quan từ con người.

Để  thực hiện xét nghiệm HCV-RNA, Bệnh viện Đa khoa MEDLATEC đã trang bị các hệ thống sinh học phân tử như IQ5 Multicolor Real- time PCR, Cobas Taqman 48 (Roche), đặc biệt, Bệnh viện đã đầu tư và đưa vào hoạt động hệ thống tự động QIAsymphony SP/AS/RGQ của hãng Qiagen (Đức).

Hệ thống QIAsymphony SP/AS/RGQ tự động hoàn toàn từ việc chuẩn bị mẫu, thiết lập phản ứng đến phân tích kết quả. Hệ thống còn đạt tiêu chuẩn chất lượng châu Âu và chứng chỉ dành cho chẩn đoán (CE-IVD).

Bộ kit định lượng (Artus HCV QS RGQ Kit - Qiagen) đã được cấp chứng chỉ IVD. Bộ kit được thiết kế trên vùng gene 5' UTR, đây là vùng bảo tồn cao của HCV, cho phép phát hiện tất cả các genotype HCV đã được công bố hiện nay (Genotype 1, 2, 3, 4, 5, 6) [3].

Quy trình định lượng được thực hiện với thể tích mẫu lên tới 1ml huyết thanh, huyết tương. Các hệ thống tự động khác thường sử dụng lượng mẫu nhỏ hơn 1ml [4].

Độ nhạy của hệ thống này rất cao đạt tới 21 IU/ml, tương đương với khoảng 25 copies/ml (1IU = 1.21 copies/ml). Thử nghiệm với 60 mẫu có tải lượng virus nhỏ hơn 20 IU/ml cho tỉ lệ dương tính rất cao. Trên 80% các mẫu có tải lượng virus 15 IU/ml và gần 70% các mẫu có tải lượng virus 5 IU/ml vẫn có thể phát hiện được [3].

Tài liệu tham khảo

1. Rogo, L.D., Akogwu, S., Umar, U. Z., Aliyu, A.M. and Aminu, B. M (2001) Bayero Journal of Pure and Applied Sciences, 4(1): 72 – 74.

2. Phạm Hùng Vân., 2008, PCR và Realtime PCR các vấn đề cơ bản và các ứng dụng thường gặp. Nhà xuất bản Y học.

3. Qiagen GmbH Inc., 2012. Artus® HCV QS-RGQ Kit Handbook

4. Roche Molecular System Inc. 2008. COBAS AmpliPrep/COBAS taqman HCV test package insert.