Như đã trình bày trên, bệnh quai bị thường lành tính. Một số trường hợp có thể có các biến chứng sau:
- Viêm tinh hoàn: thường gặp ở thanh thiếu niên sau tuổi dậy thì, chiếm khoảng 20-30% các trường hợp mắc quai bị ở người lớn. Đa số các trường hợp sưng đau tinh hoàn xảy ra sau khi sưng tuyến mang tai từ khoảng quanh 1 tuần, số ít trường hợp xảy ra đồng thời với sưng đau tuyến mang tai. Biểu hiện lâm sàng, người bệnh sau khi đỡ sưng tuyến mang tai, bắt đầu sốt cao trở lại, đau đầu, mệt mỏi; vùng tinh hoàn đau nhói, có thể lan xuống đùi, đau tăng khi đi lại, hoạt động mạnh, sờ nắn tinh hoàn thường đau, thậm chí có tràn dịch tinh hoàn, tuy nhiên màn tinh và thừng tinh vẫn bình thường. Người bệnh đau và sưng tinh hoàn ngày một nhiều, có thể sưng to gấp 2 -3 lần so với kích thước bình thường, đa số các trường hợp là viêm tinh hoàn một bên. Khoảng 7 – 10 ngày sau, triệu chứng bắt đầu giảm dần, tinh hoàn giảm sưng đau, trở lại bình thường, triệu chứng sốt cũng hết dần dần. Biến chứng sau viêm tinh hoàn do quai bị có thể gây teo tinh hoàn, thường đánh giá sau 2-6 tháng, người bệnh bị teo tinh hoàn cả hai bên có thể gây vô sinh.

Biến chứng của quai bị rất nguy hiểm, nếu không được phát hiện sớm có thể dẫn đến vô sinh ở nam và nữ giới
- Viêm buồng trứng: ít gặp hơn so với viêm tinh hoàn ở nam giới, đối tượng thường là phụ nữ qua tuổi dậy thì, chẩn đoán bệnh thường khó, tuy nhiên diễn biến khá lành tính. Bệnh nhân có thể sốt cao trở lại, đau vùng hố chậu, hạ vị, có thể sờ thấy khối hai bên hạ vị, rong kinh,….
- Viêm tụy: hiếm gặp, thường xảy ra tại tuần thứ 2. Sau tuyến mang tai đỡ sưng, người bệnh sốt cao trở lại, đau bụng tăng, nôn, đầy bụng và đi ngoài phân lỏng, chán ăn,… Xét nghiệm amylase trong máu và nước tiểu đều tăng cao. Bệnh thường lành tính, di chứng có thể có nang giả tụy.
- Tổn thương thần kinh trung ương: viêm não, viêm màng não quai bị; tổn thương dây thần kinh sọ não; hội chứng Guillain-Barré. Viêm màng não có thể gặp 10 – 20% số trường hợp, thường xuất hiện sau sưng tuyến mang tai từ 3 – 10 ngày, bệnh nhân sốt cao trở lại, có hội chứng màng não: đau đầu, nôn, táo bón, gáy cứng, Kernig dương tính,…trẻ nhỏ có thóp phồng. Dịch não tủy biến đổi giống viêm màng não nước trong do các căn nguyên khác: dịch trong, áp lực tăng nhẹ, tế bào tăng thường từ vài trăm đến khoảng 1000 tế bào/mm3- chủ yếu là bạch cầu lymphocyte, protein dịch não tủy tăng nhẹ, glucose dịch não tủy thường bình thường,… Viêm não quai bị ít gặp hơn viêm màng não, tiên lượng nặng, người bệnh có biểu hiện sốt cao kèm theo có rối loạn tri giác, ý thức, tổn thương thần kinh trung ương như động kinh, co giật, liệt chi,…
- Các biến chứng ít gặp hơn là: viêm tuyến lệ, ức, vú, giáp,…; viêm cơ tim; viêm đa khớp; viêm giác mạc, mống mắt, kết mạc,…
- Phụ nữ mang thai mắc quai bị nguy cơ biến chứng cao hơn. Có thể tăng tỉ lệ sẩy thai tự nhiênn trong 3 tháng đầu, 3 tháng cuối thai có thể chết lưu.