Việc sử dụng phương pháp nào điều trị bệnh còn phụ thuộc vào nhiều yếu tố như: độ tuổi, mức độ đau, nhu cầu mang thai, thể lâm sàng, trước đó đã có phẫu thuật chưa.
Các bác sĩ thường khuyến cáo nên sử dụng các phương pháp điều trị bảo tồn trước, chỉ phẫu thuật nếu điều trị nội khoa, bảo tồn không thành công.
Điều trị nội khoa: thuốc sử dụng được chia làm 2 nhóm: thuốc có tác dụng giảm triệu chứng đau bụng kinh và liệu pháp hormon.
- Thuốc giảm triệu chứng đau như: nhóm NSAID hoặc ibuprofen.
Hoặc có thể kết hợp đồng thời thuốc giảm đau và sử dụng liệu pháp trong trường hợp bệnh nhân không có nhu cầu muốn có con.
- Liệu pháp hormon: Các hormon nội tiết có tác dụng làm giảm các cơn đau bụng kinh hoặc ngăn chặn sự phát triển của lạc nội mạc tử cung cũng như tạo thành các khối mới trong. Tuy nhiên, sau khi ngừng sử dụng hormone nội tiết tố thì các triệu chứng vẫn có thể xuất hiện trở lại. Nên đây không phải là phương pháp điều trị dứt điểm bệnh được.
Các liệu pháp được sử dụng để điều trị lạc nội mạc tử cung:
+ Thuốc uống tránh thai nội tiết: có tác dụng ức chế sự rụng trứng, làm giảm estrogen máu, giúp ức chế và ngăn ngữa phát triển lạc nội mạc tử cung.

Thuốc uống tránh thai nội tiết
+ Nhóm hormon GnRH (gonadotropin releasing hormone) có vai trò ức chế giải phóng gonadotropin từ tuyến yên, dẫn đến ức chế sản xuất hormon estrogen từ buồng trứng, từ đó ngăn chặn sự phóng noãn đồng thời có thể ức chế sự phát triển của nội mạc tử cung...
+ Liệu pháp sử dụng hormon progestin như: dụng cụ tử cung Mirena (có chứa levonorgestrel), que cấy tránh thai dưới da (Inplanon), thuốc tiêm tránh thai (Depo-Provera) hoặc thuốc viên chỉ chứa progestin (Camila)... Liệu pháp này có thể gây ra mất kinh nguyệt tạm thời, từ đó ức chế sự phát triển của các khối lạc nội mạc tử cung, đồng thời làm giảm các triệu chứng của lạc nội mạc tử cung.
+ Thuốc ức chế Aromatase (anastrozole, letrozole...): nhóm thuốc này có được sử dụng với mục đích làm ức chế sự sản xuất estrogen ở buồng trứng.
Phẫu thuật bảo tổn tử cung và buồng trứng: phẫu thuật bóc tách các khối lạc nội mạc tử cung vẫn giữ lại tử cung và buồng trứng được áp dụng trong những trường hợp vẫn muốn có con. Đồng thời làm giảm các cơn đau dữ dội do lạc nội mạc tử cung. Tuy nhiên,tỷ lệ lạc nội mạc tử cung và cơn đau vẫn bị tái phát sau phẫu thuật vẫn còn cao.
Điều trị vô sinh: các kỹ thuật thụ thai nhân tạo được áp dụng trong đều trị lạc nội mạc tử cung như: IUI hoặc IVF.
Phẫu thuật cắt tử cung hoặc buồng trứng: phương pháp này chỉ áp dụng đối với những phụ nữ nhiều tuổi, không có nhu cầu có con.